Система Centos 7, пользователя по ssh пускает, но только через пароль. Однако при попытке авторизации через сертификат, пишет: Server refused our key и предлагает ввести пароль.

Ну вот и ошибка. Надо смотреть лог теперь, что там есть еще на тему ключа. Сервер прямо пишет, что ключ не проходит проверку. Либо перепутаны ключи, либо скопирован с ошибкой, либо что-то еще. 

Блин, короче "дело было не в бабине"! Права, на папку и файл, ... правами, но!, есть ещё и владелец!!! А всё это создавалось из под root'a. Поменял владельца и всё заработало! Вроде элементарно, но не сразу пришло...
Может в статье указать сей момент?