Советую почитать мою статью по схожему вопросу - https://serveradmin.ru/disk-zanyat-na-100-i-ne-ponyatno-chem-df-i-du-pokazyivayut-raznyie-znacheniya/

Там описывается, какие могут быть проблемы, если просто удалить большой лог файл.

Могу порекомендовать ncdu
Не раз уже выручал в плане "подскажи, куда место делось" и сразу почистить.

Но советую аккуратно: он не спрашивает, правда ли хотите удалять. Согласился раз и понеслась :))