@quantor я ещё не пробовал этот шаблон, так что помочь не смогу. Могу предположить, что у агента прав не хватает на запуск smartctl и доступ к инфе о дисках, поэтому вывод получается не такой, какой ждёт шаблон. Отсюда и ошибка. 

@zerox по поводу прав, вполне может быть. В такую же проблему я упирался, когда пытался прикрутить сбор данных о смарте по вашему гайду, делал шаг в шаг, и получал такую же ошибку. Тогда я забил решение этого дела, оставил до лучших времен. Недавно обновил заббикс и агентов до 6й версии, в надежде что что-то для меня изменится, однако ситуация та же.
Возвращаясь к тому, что я профан, каким образом я могу убедиться в нехватке прав у агента и как мне ему их предоставить на виндовой машине?

Удалось победить сию проблему.
Сложность действительно оказалась в правах запуска самого агента. Изначально я ставил запуск от админа на самом экзешнике, это не помогло, далее в оснастке управления службами указал конкретного юзера с админскими правами, под которым эта служба должна стартовать, и далее уже все заработало.
Ситуация на самом деле темная и странная для меня, т.к. на всех машинах, где я пытался запустить мониторинг смартов, везде был только один юзер-локальный админ.