Буквально вчера столкнулся с похожей задачей. Устанавливал CentOS на HP сервер с SmartArray B120i. История такая же - система видит каждый диск в отдельности, даже если их объединить в массив с помощью утилиты управления контроллером. 

Тут вариант только один - смотреть, если ли на сайте HP драйвера под свою систему и поддерживает ли данный контроллер эту версию системы. Если нет - то не вижу никаких вариантов. Я лично не стал разбираться с этим, а просто настроил софтовый рейд mdadm. В данном случае нет принципиальной разницы, кто реализует функционал по организации рейда.  SmartArray B120i по сути все равно программный рейд. С mdadm будет удобнее.

Я бы порекомендовал собрать рейд средствами freebsd. К сожалению, не посоветую ничего конкретного, так как не работаю с freebsd. Если не ошибаюсь, то там неплохо себя показывает zfs, можно собрать рейд на ней.

Попробовали? Как результат? Ожидания оправдались?