@pol у меня статья есть по этой теме - https://serveradmin.ru/chto-zanimaet-mesto-v-baze-dannyh-zabbix/

Там рассказано, что занимает место в базе и как почистить. 

@zerox Огромное спасибо за статью, очень помогла!

Есть еще пару вопросов:

1) обязательно ли делать партиционирование?;

2) после выполнения запросов в mysql я увидел, что все мои БД занимают около 2G, но в файловой системе при выполнении команды df -h var/lib занимает место в разы больше (около 5.5G), с чем это может быть связано?

@pol 1. Партицирование делают, когда другими способами невозможно почистить базу из-за ее размера и нагрузки. Если у вас с этим нет проблем, то можно пока не делать. 

2. У базы данных много всякой служебной информации, так что это нормально. Так обычно и бывает.

@zerox Большое спасибо за помощь!!!