Я не понял вопрос. Если у вас стоит bitrixenv, лучше использовать его средство для получение let's encrypt сертификатов. Там используется dehydrated, который управляется через стандартное меню окружения. 

Так все верно что лучше использовать штатную let's encrypt  в bitrixenv.

Проблема была в следующем до меня на сервере получали в ручную ключи через certbot/  и ssl.conf были переписаны

ngnix не видел файл в папке  /etc/nginx/ letsencryp/live/DOMEN/...pem. хотя файл там был , перезапуск нечего не помогало

В  итоге удалил  ssl.conf адреса ключей и заново  вставил тот же самый адрес ключей и все заработало

После уже сделал штатный режим получения ключей.

За ним, кстати, следить надо. Он у меня много раз по тем или иным причинам не обновлял ключи. Рекомендую настроить мониторинг ssl сертификатов на сайтах.